Ainda existe uma grande dúvida em como e quando utilizar cada um.

Os dois podem ser usados para emissão de nota fiscal eletrônica, já que o número do CNPJ da empresa consta em ambos, mas o Certificado NFe não substitui o e-CNPJ.

Então em qual situação devo utilizar o e-CNPJ e o e-NF?

O e-CNPJ é o único modelo de certificado que permite acesso a todas as áreas e processos que a empresa precisa realizar, e por isso, só pode ser usado pelos sócios e representantes legais.

Como já mencionamos anteriormente, o e-CNPJ também pode ser usado para emissão de notas fiscais eletrônicas, mas como ele é o único modelo de certificado que permite acesso a todos os documentos legais da empresa, muitos empresários adquirem o NFe para ser utilizado pelo colaborador responsável pela emissão de notas.

Como ele foi criado exclusivamente para emissão de notas fiscais, o colaborador não terá acesso, por exemplo,ao e-CAC da Receita Federal, nem ao Sistema da Conectividade Social (FGTS), mantendo a segurança dos dados da empresa.